İlker Başbuğ, her operasyon ya da iddianın ardından basının karşısına çıktı. Bazı açıklamaları tartışma yarattı. Bunlardan biri de Poyrazköy'deki kazılarda ele geçirilen LAW'lara ilişkin tanımlaması oldu: "Beş tane boş LAW ki hiçbir şeye yaramaz niye paketlenerek kim yapmıştır bilemem"
O dönemde askeri içine alan diğer bir soruşturma konusu da İrticayla Mücadele Eylem Planı'ydı. Bu süreç, eski Genelkurmay Başkanı'nı mahkeme karşısına çıkardı. Türk milleti farkında
Eski Genelkurmay Başkanı Emekli Orgeneral İlker Başbuğ, silahlı kuvvetlere yönelik suçlamalar karşısında zaman zaman sert uyarılarda da bulundu. Bu uyarılardan biri 17 aralık 2009'da Oruç Reis Fırkateyni'nde gerçekleşti: "Türk Silahlı Kuvvetleri'ne karşı planlı ve kendi amaçları ve menfaatleri çerçevesinde haksız şekilde psikolojik harekat yürütenlere diyorum ki, bulunduğunuz yol bulunduğunuz yer doğru değildir. Türk milletinin büyük çoğunluğu da ne yaptığınızın farkındadır."
Başbuğ iki yılın ardından görevini 2010'da Işık Koşaner'e devretmişti.
Ancak görevden ayrıldıktan kısa bir süre sonra ismi TSK'ya yönelik bir soruşturma kapsamında bir kez daha gündeme geldi. Başbuğ'u 'şüpheli' konumuna getiren süreç, İnternet Andıcı Ve İrticayla Mücadele Eylem Planı başlıklı belgeyle ilgili tutuklanan subayların verdiği ifadelerle başladı. İddiaya göre Başbuğ döneminde kamuoyunu yönlendirme ve kara propaganda amacıyla çok sayıda internet sitesi kuruldu.