Diyanet İşleri Başkanı Prof. Dr. Mehmet Görmez’in kıldırdığı cenaze namazına Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ve Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir de katıldı. Öğleden itibaren cami avlusunu dolduran Sungur’un sevenleri ve yakınları gün boyu Kur'an-ı Kerim okuyup dua etti.
Cenaze namazına Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, oğlu Bilal Erdoğan, İçişleri Bakanı İdris Naim Şahin, AB'den Sorumlu Bakan ve Başmükareci Egemen Bağış, İstanbul Valisi Hüseyin Avni Mutlu, İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş, Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir, Şişli Belediye Başkanı Mustafa Sarıgül, AK Parti İstanbul İl Başkanı Aziz Babuşcu, Sungur'un çocukları Muhammed Sungur, Nurullah Sungur ile sevenleri katıldı.
Sungur'un yakınları ve sevenlerinin yanı sıra siyasilerin de katıldığı cenaze töreni için geniş güvenlik önlemleri alındı.
Namazın ardından konuşan Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, Sungur'a haklarının helal olduğunu belirterek, “Çok aziz kardeşlerim. Öncelikle şu anda ebediyete uğurladığımız Mustafa Sungur ağabeyimize zaten az önce diyanet işleri başkanımızın ifadeleri ile haklarınızı helal ettiniz. Hakkımız helal olsun. Orada hiçbir endişe taşımıyoruz. Ve ömürleri boyunca gerçekten bu gökkubbede hoş bir seda bırakma uğruna onlar çok büyük mücadeleler verdiler. Çok ciddi ezalar, cefalar çektiler. Ve bu ezalar, cefalar inanıyorum ki, şu anda yanında getirdikleridir. Bunu çok iyi biliyoruz. Buna hep şahit olduk. Ve bu şahadet içerisinde siz de az önce şahadetlerinizi yinelediniz. Ben de tekrar, bu gösterilen ilgi ve alaka zaten kimin kim olduğunu çok iyi ortaya koyuyor. Rabbim yar ve yardımcımız olsun diyorum. Gösterdiğiniz bu ilgi sebebiyle fakirde sizden özellikle Allah razı olsun” dedi.
Konuşmanın ardından Erdoğan Sungur'un tabutuna omuz verdi. Mustafa Sungur'un cenazesi Eyüp Sultan Mezarlığı'nda defnedildi.
